后金这次侵入，其一使庙社震惊，根本动摇。皇太极率军进攻北京，标志着崇祯帝中兴之梦的破灭。
明朝京畿地区的防御体系遭到重创或破坏，失去（阵亡或被俘）总兵赵率教、满桂、孙祖寿、麻登云、黑云龙、朱国彦六员，兵部尚书王洽、工部尚书张凤翔、蓟辽督师袁崇焕、遵化巡抚王元雅、总理蓟辽保军务刘策等或死或下狱。明朝受到巨大震动，元气大伤。
第二，阉党余孽，掌控阁部。后金军撤退之后，明廷没有认真地总结经验教训，而是借机倾轧，进行党争。
崇祯帝没有从全局分析北京己巳之役的历史经验和教训，而是以杀袁崇焕出气、泄愤。
阉党余孽借机翻逆案，打击东林党。东林党内阁大学士韩爌、钱龙锡、成基命、李标等去职，而代之以周延儒、温体仁等佞臣入主内阁。六部九卿也相应变更。这标志着崇祯新政的结束。
第三，京师城防，守备虚懈。在此战之前，北京人过了180年的和平生活，战争突然降临，没有任何实际准备。
守城官兵既不知道火器的名称，也不知道火器的使用。北京城险些丧于皇太极之手。这次战役在明清易代史上具有极为重大的意义：从宏观上来说，它标志着双方战略形势的又一次重大转变。明朝的堡垒推进、经济feng锁和外交联盟政策都在此役后逐渐瓦解，永久性地失去了战略主动。
第四，财富被掠，生民涂炭。京畿、京东地区遭到后金军的大肆掳掠。占领永平的后金贝勒阿敏撤退时，进行屠城。
总之，后金军队殃及的地区，生民涂炭，百业凋零。这些都加剧了明朝的社会矛盾，加速明朝灭亡。
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