朝廷各部对曾国荃一到武昌，便参劾总督的行为普遍不满，尤以军机处为甚，因为奏折中有＂军机处故意与鄂抚为难，凡有寄谕，从不径寄，而由督署转递＂的字样，触到了军机处的痛处。军机大臣胡家玉面禀太后，说曾国荃将军事失利的责任推给官文，居心不良，所奏情事多有不合，宜驳回。慈禧太后命兵部派员到武昌密查核实。
济宁州里，曾国藩接到曾纪泽的禀帖，将奏疏仔仔细细地读了一遍。老九的使气任性，办事孟浪，使他深为痛心。他顿足叹息，预感此事将招致严重的后果。必须给老九明确地指出：不能走得太远！他提笔作函：
官秀峰一事业已奏出，但望内召不甚着迹，替换者不甚掣肘，即为至幸。弟谓命运作主，余素所深信；谓自强者每胜一筹，则余不甚深信。凡国之强，必须多得贤臣工；家之强，必须多出贤子弟；一身之强，当效曾、孟修身之法与孔子告仲由之强，可久可常。此外斗智斗力之强，则有强而大兴，亦有因强而大败。吾辈在自修处求强则可，在胜人处求强刚不可。
又给纪泽写了一封信，严责儿子不但不去劝止九叔，反而拟此言辞尖刻的奏蔬，为之推波助澜，太不懂事了。
刚好这时李鸿章来徐州视察军务，曾国藩打发赵烈文到徐州去跟李鸿章商量。李鸿章一听，也觉得老九莽撞了。他沉思良久，对赵烈文说：＂现在只有一个办法，由恩师出面打圆场，密保官秀峰，并以兄长的身分批评九帅作事草率，尽量把事情化小。不知恩师意下如何。
赵烈文回济宁后，向曾国藩转述了李鸿章的主意，并认为这是个可行的办法。曾国藩从心里来说并不愿意这样抑荃扬官，但考虑到老九非官文的对手，倘若官司打败，调离湖北，新湘军便不再存在，全盘计划将会打乱。为了河防之策的顺利执行，从剿捻大局出发，只得出此下策。几天后，一封密保官文的奏折由济宁州发出了。
接到大哥的信后，曾国荃的头脑开始冷静了点，原拟的第二份参折暂时搁下未发。曾纪泽则遵父命离开武昌南下，跳出这个是非圈子。
不久，来武昌调查督抚纠纷的钦差回到京师，将曾国荃所列官文各条一一驳回。都察院的御史上书，奏官文为肃党余孽事既不成立，曾国荃则为诬陷，例应反坐。其他各省督抚中也有人上奏，说曾国荃侍功傲物，打仗失败，应予惩治。
慈禧太后对此事颇感为难。她既需要官文这样忠实的家奴，也需要曾国荃这样能斗的鹰犬。眼下捻军势力强大，国事未安，曾氏兄弟和湘淮军是她依赖的柱石。但官文无过受辱，朝野物议甚烈，不压一压曾国荃也难平众怒。她想给曾国荃一个＂降二级处分＂，犹如当年曾国藩为杨健请入乡贤祠所得的结果一样。
这时，接替杨岳斌任陕甘总督的左宗棠，给朝廷来了一份词气亢厉的奏疏，称赞曾国荃劾官文一疏，是当今天下第一篇好文章，第一等好事，人心大快，正气大张，并以自己在湖南抚幕多年的身分为证，指责官文贪劣庸碌，不堪封疆重寄，请求太后、皇上撤官文之职，以昭朝廷公正之心。左宗棠正处在平回民之乱的前线，他这封奏折的分量，远胜他省督抚和都察院的御史。曾国藩密保官文的奏折此时也到了慈禧的手中。慈禧是个精明的人，她深知曾国藩不早不迟，恰好这时来封保官的折子，无疑是在为弟弟弥缝，希望这件事不要水火不容地闹下去。曾国藩的这个态度很使慈禧欣慰。她想：倘若曾国藩和弟弟站在一边，坚决与官文为敌，那就更麻烦了；曾国藩的面子还是要给的。慈禧决定按督抚不和的处置成例来个和稀泥。于是将官文内调京师，以大学士掌管刑部，兼正白旗蒙古都统，调李鸿章为湖广总督。因苏抚一职暂不能离开，遂调湖南巡抚李瀚章暂署湖督，由刘昆接替李瀚章。对曾国荃则未加任何指责。一场大风波就这样平息了。
正当曾国藩为九弟平安度过险境，湖督一职落入湘淮军手中而欣喜的时候，赖文光、张宗禹趁着清廷官场这场内耗的大好时机，在禹州大败郭松林部，然后挥师北上，率领五万铁骑，轻而易举地突破由豫军守卫的朱仙镇至开封府一带的防线，昼夜急驰，挺进鲁西。苦心经营半年之久的河防大计，一夜之间便付之东流。消息传来，曾国藩在济宁州一病不起。
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