先议军机处。坐在主位上的庆王奕劻及大学士瞿鸿都是军机大臣，大家都不便开口，冷清的场面使得众位大员们都很尴尬。实在挨不下去了，左都御史张百熙首先发言打破僵局，说军机处乃雍正爷由内阁中分设，取其接近内廷，每日入值，承旨办事较为密速，相承至今尚无流弊，自毋庸改变。张百熙刚一说完，载泽、世续、那桐等人都表示同意，众人不好再说什么了。奕劻的儿子载振于是建议，改革官制有许多事要办，军机处不如暂不议，先议别的。众人也只好同意。
再议内务府。内务府大臣世续端坐不语，众人大眼看小眼，也不说话。大学士那桐说，内务府管的是大内事务，外官不清楚，不好议。于是内务府也不议。理藩院尚书寿耆说，内务府既然不议，太监事也不能议，因为它牵涉到老佛爷和各位太妃、皇后、皇妃，臣子们岂能插嘴，此事宜由老佛爷来定。众大员一致同意。
工部尚书陆润庠说，内务、太监既不议，则还有一事不能议。大家问何事。陆润庠说，八旗牵连到所有的王公贵族，事关重大，弄不好得罪元老勋旧，老佛爷也会头痛。众人都说是。于是八旗亦不议。
状元出身的孙家鼐说，翰林院设于顺治元年，二百多年来沿袭不改，向为储才养望之地，更为大学士出身之所，为天下士人所仰慕，若撤了翰林院，会使士人寒心失意。翰林出身的瞿鸿、张百熙、徐世昌、陆润庠等立刻拥护。翰林院遂亦不议。
新官员名单：军机大臣奕劻、瞿鸿、世续、林绍年，外务部尚书瞿鸿、度支部尚书溥$，礼部尚书溥良，陆军部尚书铁良，法部尚书戴鸿慈，邮传部尚书张百熙，理藩部尚书寿耆，民政部尚书徐世昌，农工商部尚书载振，学部尚书荣庆，吏部尚书鹿传霖。
就这样议了十来天，除了五不议外，什么名堂都没议出来。企图有番作为的袁世凯、徐世昌很着急，担心如此议下去会一事无成。他们寻思，必须有人提出一套较为系统的改革方案，才可能扭转会议的散漫习气。这天晚上，袁世凯邀请徐世昌、戴鸿慈、张百熙、葛宝华等人到自己的寓所商议。大家议出了一套初步方案。
次日会上，袁世凯先发言。他以一种带兵统帅的威严果断，一扫十天来的懒怠、松懈、客套、虚伪之风，开门见山地提出他的中央官制改革的设想，拟设军机处和十一个部。其中外务部、学部、吏部依旧，巡警部改为民政部，户部改为度支部，原财政部并入该部，原太常、光禄、鸿胪三寺并入礼部，原兵部改为陆军部，将练兵处、太仆寺并入该部，刑部改为法部，工部并入商部，改为农工商部，新设邮传部，专司轮船铁路电信邮政，理藩院改为理藩部。
大家议了一番，也提不出多大意见。有人建议将大理寺改为大理院，也通过了。
关键是官员的安排。袁世凯提出每部设尚书一员，侍郎两员，不分满汉。眼下这个时候再分满汉畛域，显然违背时代潮流，没有人敢发表反对意见。慈禧不愿意将满人的权利拱手让给汉人，她正要借不分畛域之机多安排满员，遂表示同意。
中央官制定了后，以铁良为代表的满人强硬派欲趁此机会削掉汉人的权力，鉴于各省督抚自湘淮军兴起后汉多满少的现状，力主削减督抚之权。身为直隶总督的袁世凯竭力反对。争争吵吵议不出个结果，最后不了了之。
清政府改革官制的举措遭到日本及西方各国的冷嘲热讽。革命党人坚信必须把这个不可救药的朝廷推翻掉，否则中国不可能有出路。
这个时候，最富有斗争传统的湖南又出现了有利于革命暴动的大好时机。
入夏以来，整个长江中下游地区阴雨连绵，洪水暴涨，尤以湖南遭受洪灾最为严重。湘中湘北一带一片汪洋泽国，淹死者三四万，灾及者四十多万，灾情之重，为有清二百余年来所仅见。地方官绅不但不赈灾，反而乘机哄抬粮价，囤积居奇，致使抢米风潮此伏彼起。积压在贫苦人民心中的怒火，已是一触即发了。
五月下旬，陈天华的遗体运到了长沙，同时运来的还有另一位湘籍青年志士姚宏业的遗体。二十多天前，他因愤于反动官绅阻挠筹办中国公学，在上海投黄浦江而死。两具烈士的遗体在素来重义气敬英灵的长沙古城引起了轩然大波，在省商会会长禹之谟的领导下，长沙阖城学生穿制服行丧礼，万余人整队送至岳麓山安葬，场面至为悲壮感人。
湖南官场一片惊骇，对禹之谟恨之入骨。一个月后，禹之谟参与湘乡学界反对盐捐浮收的风潮，湖南巡抚下令将禹之谟逮捕入狱。清政府与人民为敌的面目充分暴露了。去年马福益因再次筹备起义被官府逮捕杀害，早就想为大龙头报仇的哥老会众，图谋借此人心浮动的时候重举义旗。所有这些情况，为远在东京而密切注视湘省动态的黄兴、刘揆一等人所掌握。两人计议后，派刘道一回国联络会党并策划湖南新军一起行动。
刘道一回到湖南后，很快与哥老会头目龚春台和华兴会成员姜守旦联系上了，约定于旧历十二月底衙门封印时举事。不料，起义前夕，龚、姜之间出现分歧，互不买账。龚自号“中华民国革命军南军先锋队都督”，姜自号“新中华大帝国光复军都督”。刘道一运动新军一事，也未取得效果。
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