抗战胜利后，蒋中正主席任命父亲为第一届国防部长。可是，国共交战后期因父亲助李宗仁选副总统，蒋、白之间又出现了嫌隙。一九四八年“徐蚌会战”及其“后遗症”，更因两封吁请国际调停的电报，蒋、白关系濒临决裂。
在台湾十七年，蒋中正与父亲的关系，始终没有完全修复。
持平而论，蒋中正对父亲的军事才能是深有所知的。在国家安危的关键时刻，蒋往往会派遣父亲前往解决困难：如指挥“台儿庄之役”，督战东北，“二二八”事件赴台宣慰等，都显示蒋对父亲的器重。但蒋中正用人，对领袖忠贞是首要条件，可是父亲个性刚毅正直，不齿唯唯诺诺，而且有关国家大事，经常直言不讳，加上父亲的“桂系”背景，蒋对父亲的忠贞是有所疑虑的，并不完全信任。
事实上，父亲一直是蒋中正的最高军事幕僚长，扮演着襄赞元戎的角色，绝对无“取而代之”的僭越之想。李宗仁选副总统，父亲最初是强烈反对的。一九四九年“徐蚌会战”，国军溃败，蒋中正下野，李宗仁代总统，那也是大势所逼。事实上，当时党政军的资源还是由蒋掌握，他自己不引退，没有人能够强迫他。“逼宫”之说，并不属实。父亲一生把国家利益放在最前面，当时国民党政权危在旦夕，父亲才“不避斧钺”上书蒋中正，提议敦促美、英、苏三国出面调解和平。
现在台湾及大陆一些人论及父亲与蒋中正的关系，往往喜欢夸大两人之间的矛盾，而且把矛盾变得琐碎。其实蒋、白两人之间的一些冲突，首先在二人的个性，二雄难以并立，两个强人相处，冲撞势必难免。而且古有明训：“勇略震主者身危，而功盖天下者不赏。”其次，是两人在国家政策方面意见分歧时起的冲突。比如“徐蚌会战”，蒋中正与父亲在这一极重要的战役上，出现激烈争执，前后因果，使两人关系产生难以弥合的裂痕。但论者往往忽略了，蒋中正与父亲也曾有过长期紧密合作而得到良好结果的关系，父亲在北伐、抗战所立的战功，亦是蒋充分授权下得以完成的。蒋中正与父亲分合之间的关系，往往影响国家的安危，他们两人在国共交战期间，军事策略上未能同心协力、合作到底，是一大遗憾。父亲曾感叹过：“总统是重用我的，可惜我有些话他没有听。”他所指的，大概是他对某些重大战役的一些献策吧。
楚汉相争，大将韩信替汉高祖刘邦打下天下，功高震主，鸟尽弓藏，兔死狗烹，为吕后、萧何设计残害于长乐宫。《史记·淮阴侯列传》记载高祖“见信死，且喜且怜之”，这是太史公司马迁对人性了解最深刻的一笔。君臣一体，自古所难。
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