咸丰皇帝接到这道折子，这才后悔自己拿回巡抚职务的上谕发得太早了。对啊，曾国藩按惯例肯定会辞谢巡抚一职，等他自己主动辞谢，我再顺水推舟，同意他的请求多好！现在倒成了自己出尔反尔，朝令夕改，实在是脸上火辣辣的。所以见了曾国藩这封奏疏，他自作聪明，在上面批了这样一句：
朕料汝必辞，又念及整师东下，署抚空有其名，故已降旨，令汝毋庸署湖北巡抚，赏给兵部侍郎衔。 注： 熊治祁编：《湖南人物年谱》2，湖南人民出版社，2013年，第680页。
就是说，我早就知道你肯定辞谢，所以你没辞之时，我就已经降旨不让你当了。
接着，转羞为恼的咸丰还在奏折上批了这样一句：
汝此奏虽不尽属固执，然官衔竟不书署抚，好名之过尚小，违旨之罪甚大，着严行申饬！ 注： 同上。
我上道上谕，已经任命你署理湖北巡抚，你这道奏折，竟然不写这个头衔。违旨之罪甚大，传军机处对你严行申饬！
这句话倒打一耙，实可谓鸡贼之至。
这道朱批批回来，曾国藩倒吸一口冷气。他推辞一番，只是为了面子上好看。万万没想到，辞谢奏疏还没有送到北京，咸丰皇帝收回成命的上谕就下达了。可见咸丰对他的防范到了什么程度。
而且湖北巡抚一职，给的是曾在湖南与曾国藩屡次作对的陶恩培担任，陶未到任前，由刚刚因曾国藩攻占武汉而从“署理”转为“实授”的湖广总督杨霈兼任。
曾国藩攻占武汉，远远观望的荆州将军官文“论功被优叙”，并无功劳的署理湖广总督杨霈和自己的政敌陶恩培都得到重赏，而他本人不仅未得到地方实权，皇帝又无理找三分地追究曾国藩“违旨之罪”，并且“严行申饬”。这分明是大功不赏。
曾国藩不能不深思。他强烈地感受到了皇帝对他的猜忌和不信任。
曾国藩实在没想到这个皇帝这么糊涂。他曾国藩研习理学多年，最讲的就是一个“诚”字。他对朝廷的血诚，天日可表。因为一战失败，他可以投水自杀，可见他出山作战，绝不是为了自己，可是皇帝就是不能理解。
曾国藩不免忧惧伤心。他在给几个弟弟的信中曾经说过的“功名之地，自古难居”居然这么快变成了现实。
恰在此时，“某大臣”之言也传入了曾国藩耳中，更使他忧谗畏讥，伤心备至。
然而，不管皇帝对他如何，他已经开始的军事生涯，还是得继续下去。因为他与太平天国的斗争，不仅是为了皇帝，更是为了天下，为了文化道统。
咸丰不给他官职，已经让曾国藩非常痛苦。他的乱指挥，更是打乱了曾国藩的整体计划。
一个高明的军事家，首先应该是一个高明的战略家。所谓战略，就是基于宏观性和长远性，把各种纷繁复杂的要素按轻重缓急、先后次序进行整理排列，然后拿出最有效的行动方案。
咸丰皇帝是一个没有战略眼光的人，或者说他的战略原则就是“头疼医头，脚疼医脚”。
太平天国定都南京，他非常害怕太平军以此为基地，乘胜挥师北上，把他从皇位上掀下去，为此“寝不安席，食不甘味，忧心啾啾，终日莫释”。因此咸丰皇帝的注意力只局限于东南一隅，认为战争的关键就是拿下南京。这样“则各处逆众自必闻风胆落”，太平天国就彻底瓦解了。这个战略叫“先伐根本，再剪枝叶”。他根本没有意识到必须着眼于与太平军争夺整个长江流域，才能最终攻下南京。
所以咸丰皇帝的战略思想就是“专伐根本”。他从东北等地抽调大清帝国最精锐的一万多名马队步卒，起用出身正黄旗满洲的亲贵大臣琦善作为统帅，在南京北面建起了一座江北大营。同时命将军向荣率绿营兵在南京西南建立了一座江南大营。
咸丰皇帝希望依靠这两座南北相望的大营夹攻拿下南京。因此不惜举全国之力，为两座大营供应军饷物资，同时一再命令严旨催逼两座大营对南京发动大规模进攻，恨不得一个早上就把南京攻下来。
这实际上是一个根本不可能实现的计划。南京地势险要，城墙坚厚，太平军又严密设防，以万余官兵迅速攻破坚城，根本就不可能。两座大营能在南京脚下站稳脚跟就已经不错了。
所以大营统帅琦善和向荣等只能消极进攻，积极堵御。咸丰皇帝希望的南北大夹击一直发动不起来，他发去一道又一道奏折对琦善和向荣进行痛骂，威胁要砍掉他们的头。他频频给江南大营的统帅向荣下达死命令：
若能迅克金陵，则汝功最大，前罪都无；若仍吃紧时巧为尝试，则汝之罪难宽，朕必杀汝！ 注： 中国第一历史档案馆编：《清政府镇压太平天国档案史料》第8册，社会科学文献出版社，1993年，第294页。
他同样威胁江北大营主帅琦善：
琦善老而无志，如再不知愧奋，朕必用从前赐赛尚阿之遏必隆刀将汝正法！ 注： 中国第一历史档案馆编：《清政府镇压太平天国档案史料》第9册，社会科学文献出版社，1993年，第398页。
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