就在教案发生前一天，他刚刚向朝廷续了一个月的病假。就在此时，二十六日，他接到了慈禧的命令：
“曾国藩病尚未痊，本日已再行赏假一月。惟此案关系紧要，曾国藩精神如可支持，着前赴天津与崇厚悉心会商，妥筹办理。”
这道命令让曾国藩陷入焦灼之中。首先是这次教案事端重大，自己身患重病，可能无法支撑。
此外，介入此案的后果非常严重。
如果教案处理不当发生战争，以清王朝的国力，结果必是再一次割地赔款，这是鸦片战争以来多次中外战争早已经证明了的规律。要避免战争，势必要和洋人妥协。然而晚清以来，有一个规律性现象，那就是在对外交往中，凡是主张强硬，甚至主张“蛮不讲理”的人，通常都会获得民众的热烈欢呼，被称为“民族英雄”“扬我国威”。而主张和洋人“讲理”“妥协”的，几乎都会被骂卖国，被称为汉奸，声名尽毁。如郭嵩焘所评论：“一袭南宋以后之议论，以和为辱，以战为高。”南宋以后，凡主战者在历史上都得美名，主和者都得骂名。所以鸦片战争以来，凡是涉及夷务的人，大多数都落不到好下场好名声。
因此他的幕僚几乎一致反对他接管此案。“阻者、劝者、上言者、条陈者纷起沓进。”幕客史念祖更给他献上了上、中、下三策，认为赴津办案乃为下策：“谓毕生威望在此一行，国家大计尤关此举。”“略一失足，千古无底。”确实，几乎可以确定，这个事不论怎么处理，都难以让各方完全满意。自己一世英名，很有可能毁在此案上。
曾国藩完全有理由不介入此案。因为他虽然是直隶总督，但是他的职责范围中并不包括外事，外事是由崇厚这个专管三口通商的专员专门负责的，曾纪泽说“此次洋务，本非大人（指曾国藩）专责”。就是曾国藩自己也说：“至中外交涉事件，臣素未讲求。”同时，上谕也说“（曾国藩）精神如可支持，着前赴天津”。如果他因病推辞，朝廷也不会强迫他前去。所以是否从命，一开始他有点犹豫不决：“接奉廷寄，派余赴天津查办事件，因病未痊愈，踌躇不决。”
但是稍一犹豫之后，曾国藩还是决定接下这个任务。
曾国藩从来不是一个逃避困难的人。当初太平军起，天下靡然，只有他以一介书生之身，毅然奋起，创建湘军。
他对待君主，一贯以诚自命，遇事不敢推诿。虽然患病，但既然没有到濒死的程度，就应该勉力为国分忧。他担心的是如果朝廷派一个颟顸无能之辈，激化矛盾，引发战争，将再一次将中国推入灾难的深渊。
所以后来在给李鸿章的信中，他说：“事端重大，义不敢辞。数日之后，即拟力疾前往。”准备病情稍缓，就起程赴津。
六月初三日，曾国藩感觉身体勉强可以支撑，因此决定束装就道。这次出门，曾国藩预感到自己很有可能会病死天津，不一定能活着回来了。所以他在灯下给自己的儿子们写下了一份很长的遗嘱。
他说：“余此行反复筹思，殊无良策。余自咸丰三年（1853）募勇以来，即自誓效命疆场，今老年病躯，危难之际，断不肯吝于一死，以自负其初心。恐邂逅及难，而尔等诸事无所秉承，兹略示一二，以备不虞。”
这个案子很难办，我反复思考，也没有好的办法，可能会死于此事。我从咸丰三年创建湘军以来，就已经下定为国牺牲的决心。现在我已经老了，更不会怕死，不会自负初心。有些话向你们交代一下。
曾国藩的遗嘱与普通人不同，其中并没有什么遗产分割之类的常见内容，重心是放在对后代品性的期许上。他把自己一生为人处世最重要的心得又向儿子们交代一次，那就是为人一定要做到“不忮不求”。
余生平略涉儒先之书，见圣贤教人修身，千言万语，而要以不忮不求为重。忮者，嫉贤害能，妒功争宠，所谓怠者不能修，忌者畏人修之类也。求者，贪利贪名，怀土怀惠，所谓未得患得，既得患失之类也。忮不常见，每发露于名业相侔、势位相埒之人；求不常见，每发露于货财相接、仕进相妨之际。将欲造福，先去忮心，所谓人能充无欲害人之心，则仁不可胜用也。将欲立品，先去求心，所谓人能充无穿窬之心，而义不可胜用也。忮不去，满怀皆是荆棘；求不去，满腔日即卑污。余于此二者常加克治，恨尚未能扫除净尽。尔等欲心地干净，宜于此二者下功夫，并愿子孙世世戒之。 注： 《曾国藩全集·家书》2，岳麓书社，2011年，第525页。
人这辈子，最难去除的是嫉妒和贪求。所谓“不忮”，就是克制自己的嫉妒心。“不求”，就是克制自己的贪求心。这两点听起来似乎是老生常谈，事实上很多人，特别是很多当世名公，都处理不好。嫉妒经常出现在功名事业差不多的人之间，贪求常出现在升官发财之际。连左宗棠、郭嵩焘这样的大人物事实上都常在这两点上犯错误。所以他专门强调，这两点不去除，则既难立品，又妨造福。希望曾氏后人能克掉这两点，做到“心地干净”。
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