虽然当初是祁氏在皇帝盛怒时救了他，然而，现存曾国藩的日记书信中对此没有任何记载，也丝毫看不出曾国藩对祁寯藻出面相救的感激之情。可见曾国藩在京期间对此老是没有丝毫好感的。
但是在“谐媚软熟”的同时，祁氏也不是没有自己的政治主张。他的政治主张就是“保守”“稳重”，一切都要按照祖制成法来，特别是大清的根本政治原则绝不能更动。
祁寯藻画像
大清的根本政治原则是什么呢？两条：一条是“满汉之分”，另一条是“强干弱枝”。
清代皇帝不管文化上汉化水平多深，但是他们在民族身份上的认同，是非常清楚而敏感的。他们表面上都说满汉一家，不分轻重。然而实际上，一直是重满轻汉。在民政上，清中前期，旗人一直占地方督抚的大多数，“清朝定鼎以来，直至咸丰初年，各省督抚满人居十之六七”。在军事上，满人更是绝对的主导。薛福成曾说，有清开国二百余年，在军事上建立勋业的，基本上都是满洲世族及蒙古汉军旗人。这是因为“先皇措注之深意，盖谓疏戚相维，近远相驭之道当如此”。因此清廷对汉人“乾隆、嘉庆间，防畛犹严，如岳襄勤公之服金川，二杨侯之平教匪，虽倚任专且久，而受上赏、为元勋者，必以旗籍当之，斯制所由来旧矣”。在咸丰以前，朝廷用兵总的原则是“汉人出力，满人受赏”。即使有汉员参与兵事，亦不过仅“供奔走之役”。我们看道光朝最重要的战争鸦片战争当中，主军事者基本都是满族亲贵。第一次派往广州的统兵者是靖逆将军奕山和隆文，都是满人，汉人杨芳不过是助手；第二次派往浙江的统兵者是扬威将军奕经、文蔚、特依顺，皆是宗室或亲贵。
满汉之分是清代特有的政治现象，强干弱枝则是历代都坚守不移的政治原则。所谓“强干弱枝”，出自《史记》，意为加强主干，削弱枝叶。比喻削减地方势力，加强中央权力。
后来同治年间，曾国藩的好朋友刘蓉任陕西巡抚时，在奏折中言辞直率，和皇帝叫板。御史陈廷经遂奏参刘蓉，说刘蓉蔑视朝廷，“骄矜谬妄……立言不敬，居心叵测”。并且说：“设一二勋臣尤而效之，将成尾大不掉之患，大局关系匪轻。应请旨严行惩办，治其不敬之罪，以为外大臣轻视朝廷者戒。”曾国藩读了这封奏折，大骂陈廷经“颠倒黑白，令人愤悒”。而祁氏却在日记当中说：
陈小舫廷经御史驳刘中丞蓉折，言虽太尽，义则凛然。中外相维，不可偏重。言官尊朝廷、折骄帅，亦不为过也。（《静默斋日记》同治四年九月初三日）
由此可见，祁寯藻一直是非常注意“中外相维，不可偏重”，不能给地方官员太大的权力。
从表面上看，重满轻汉、强干弱枝，这些应该是皇帝和满族亲贵们考虑的问题。但是在咸丰朝，却偏有一班汉臣，比皇帝和旗人对此还着急。为什么呢？道理很简单，身为汉臣，要想赢得满族皇帝的信任，莫过于在他面前打击别的汉人以表忠心了。祁寯藻平素说话非常注意分寸，然而说话小心并不是不说话，关键是说话要说到点子上。多种花少栽刺也不是说不栽刺。任何政治人物都不可能没有敌人，关键是树这个敌要值得。
所以祁氏在皇帝面前给曾国藩小鞋穿，是题中应有之义。虽然经考证，湘军攻克武昌时，正是祁氏病休在家之际，所以这番具体言论可能不是出于他，但是祁氏肯定说过其他反对曾国藩掌握地方大权的话。薛福成除了在《书宰相有学无识》一文中说进此谗言的是祁寯藻外，还在《书长白文文端公相业》一文中说：“曾文正公起乡兵击贼，为寿阳祁文端公所抵排。”《近代名人小传》也认为祁氏“抑曾国藩，世颇讥其偏”。作为首辅，他的这个态度对咸丰不可能没有影响。《清史稿·祁寯藻传》说，正是在是否重用湘军问题上，他与肃顺产生了冲突，并且不久罢职而去。
“尚书肃顺同掌户部事，尚苛刻。又湘军初起，肃顺力言其可用，上向之，寯藻皆意与龃龉，屡称病请罢。”可见他是坚定的曾国藩的反对派。
因此一贯以“不怨天尤人”自律的曾国藩，升任两江总督并节制苏、浙、皖、赣四省军务后，提到祁寯藻时仍然难以保持平和心态，他在咸丰十一年（1861）十二月二十二日的日记中写道：“莫子偲、穆海航来看病，畅谈，语次有讥讽祁春浦，过于激厉，退而悔之。”湘军镇压太平天国后，祁氏在日记当中提到此事，但称是骆秉章、胡林翼一南一北两巡抚的功劳，不提曾国藩一字。可见两人芥蒂之深。
另一个排挤曾国藩的军机大臣彭蕴章，主张和祁寯藻大同小异。彭是江苏人，和祁一样也是文学侍从之臣出身。他的政治风格和祁氏类似，也是“稳健小心”。《清史稿·彭蕴章传》称：“蕴章久直枢廷，廉谨小心，每有会议，必持详慎。”也是曾国藩所说的“谐媚软熟之人”。茅海建说，他后来能在祁氏和文庆之后成为首席军机，“与他廉谨小心的为人有关，处处注意不树敌。这种无大志向亦无大建树的中庸政治家，在矛盾激烈险象环生的政坛上经常有机会发达”。
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